История образования бархана Сарыкум до сих пор остается загадкой. Считается, что он мог образоваться из-за сильного ветра, который приносил песок из близлежащих пустынь. Также есть версия, что бархан появился в результате древнего землетрясения, которое изменило рельеф местности.